2008年1月，工人們正在加緊封堵“水晶宮”南墻。攝影 徐訊/人民畫報
從2007年1月16日開始，交通部廣州打撈局多次派出工作船組出發前往陽江海域對“南海Ⅰ號”古沉船進行精確測量和外圍凝結物的清理工作，共清理出凝結物25噸，打撈周邊散落的完整文物137組近500件，主要包含金屬器、陶瓷器、唐宋銅錢以及部分漆器殘片等。
“南海Ⅰ號”外圍清理工作結束后，廣州打撈局為“南海Ⅰ號”量身打造的重530噸的巨型鋼沉箱（即沉井）隨即運抵“南海Ⅰ號”考古打撈現場。該沉井用特殊鋼材建造，呈長方形，長35.7米，寬14.4米，高12米。沉井設計分上、下兩段，下沉井底部設計為向內收縮的斜角，象刀刃一樣，以便沉井順利地插入海底淤泥中。
按照整體打撈方案，沉井運抵現場后，廣州打撈局將使用靜壓力把它緩緩壓入淤泥，整體罩住沉船及其周圍淤泥，然后再從上沉井底部兩側穿引36根鋼梁，封閉鋼梁之間的縫隙，形成一個封底密閉的“鋼箱”，再把鋼箱以及箱內的“南海Ⅰ號”古沉船、周邊泥土等原樣不變地整體打撈出海。
2007年11月13日，經過工程技術人員特別是潛水員的60天苦戰，終于將已經裝有“南海Ⅰ號”的巨型鋼沉箱的36根底托梁全部穿引完畢，隨后，施工人員在底托梁之間的空當穿進37塊厚度為12毫米的鋼板，使底部密封，以保證起浮時沉箱中的泥沙不會外泄，確保古船不會受到損害。
2007年12月22日，在“南海Ⅰ號”整體打撈工程總指揮吳建成的一聲令下，廣州打撈局為此次打撈特別定制的4000噸全回轉起重船“華天龍”和載重能力1.5萬噸“重任1601”半潛駁一起緩緩把裝載有“南海Ⅰ號”的沉箱吊出水面。
12月23日，在拖輪的牽引護航下，裝載著沉箱和“南海Ⅰ號”的“重任1601”巨型駁輪被緩緩拉向陽江海陵島的十里銀灘。在那片潔白的沙灘上，新建成的廣東海上絲綢之路博物館（也被稱為“水晶宮”）正在靜靜地等候著它的到來。
從12月26日晚10時30分起，經過2小時40多分鐘“蝸牛式”的緩慢爬行，裝載“南海Ⅰ號”沉船的沉箱終于整體落上“水晶宮”碼頭，接下來，廣州打撈局用氣囊鋪成軌道，然后將沉箱放到氣囊上，通過滾動氣囊慢慢將沉箱牽引至“水晶宮”。
12月28日，“南海Ⅰ號”正式入住新家“水晶宮”。至此，“南海Ⅰ號”整體打撈工作畫上圓滿的句號，其后，“南海Ⅰ號”的神秘面紗將在安全、清澈的“水晶宮”內被逐步揭開。
